生物質譜儀的分類

自從1886年早期質譜儀器常用的離子源被Goldstein發明出來，一直到1942年di一臺單聚焦質譜儀商品化，質譜大體上處在理論發展階段。在此以后，由于發展和完善的電離技術以及分析技術，使質譜非常快地在地質、空間研究、環境化學、有機化學、制藥等多個領域得到應用。

分類

電噴霧電離與基質輔助激光解吸電離為生物質譜儀的主要的離子化方式。四極桿質量分析器為前者所采用，所構成的儀器叫做電噴霧（四極桿）質譜儀，后者質量分析器常用飛行時間，所構成的儀器叫做基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜儀。能夠聯用液相色譜、毛細管電泳等現代化的分離手段，從而使其在生命科學領域的應用范圍，包括藥物代謝、臨床和法醫學的應用等得到了非常大的拓展為ESI-MS的特點之一。

對鹽和添加物有著比較高的耐受能力，并且有著較快的測樣速度，能夠簡單地進行操作為MALDI-TOF-MS的特點。除此以外能夠在生物大分子測定的質譜儀還有離子阱質譜和傅里葉變換離子回旋共振等得到應用。

液相色譜-電噴霧-四極桿飛行時間串聯質譜儀和帶有串聯質譜功能的MALDI-TOF質譜儀為zui新上市的生物質譜儀，前者基于傳統的電噴霧質譜儀，四極桿質量分析器為飛行時間質量分析器所替代，使儀器的分辨率、靈敏度和質量范圍得到了大大的提高，后者是將源后降解模式或碰撞誘導解離模式加入到質譜中，從而有可能實現測序生物大分子。

微生物鑒定的應用：

通過每種細菌分離物的生物質譜能夠使基于每種細菌惟一的肽模式或指紋圖譜獲得來對細菌進行鑒別。Hsu已經使用串聯質譜對沙門菌 J進行了鑒定。因為在細菌體內，蛋白質有著比較高的含量。生物質譜在細菌屬、種、株的鑒定方面常常得到使用。而串聯質譜還可針對糖類或脂類的脂肪酸組成進行鑒定。除此以外，通過處理生物樣本以后，串聯質譜也能夠從單細菌水平將病原菌及孢子發現和確定下來。分析特殊脂質成分就能夠對樣本中病原菌的活力和潛在感染加以了解。