基因擴增儀的選購指南

　　基因擴增儀因操作方便、運行速度快、實驗結(jié)果準確，受到越來越多的分子生物學研究者青睞。面對各種不同性能的基因擴增儀，又該如何選擇呢?

基因擴增儀的選購誤區(qū)

　　誤區(qū)一：儀器通道越多越好

　　隨著基因擴增技術(shù)的成熟運用，多重擴增越來越熱鬧，基因擴增儀也不能幸免。從Z初ABI公司推出的單通道基因擴增儀發(fā)展到如今各個廠家都推出4通道、5通道甚至6通道基因擴增儀，眼花繚亂的選擇讓人無所適從，就有人一不小心走進了“通道越多越好”的誤區(qū)。

　　在使用有些廠家5通道的基因擴增儀時，為了確保實驗結(jié)果的精確性和準確性都要在實驗中使用ROX或?qū)Ｓ玫腞eferencedye，這些熒光染料都必須單獨使用一個檢測通道。這樣以來，真正能檢測多重PCR熒光信號的有效通道只有4個，而且使用校正染料可能會增加后期的使用成本。

　　考慮多重基因擴增儀的通道數(shù)的時候也應該從實驗室實際情況出發(fā)，多重基因擴增儀并非人人適用、人人可用，因為它使實驗復雜化了。

　　誤區(qū)二：基因擴增儀無需梯度功能

　　對于使用染料法的定量PCR反應，雖然有各種各樣的PCR引物設(shè)計軟件或者經(jīng)驗公式計算熔解溫度(Tm值)，但運用的公式不同、引物序列不同，Tm值的差異會很大。引物的熔解溫度決定了退火溫度。而且模版中堿基的組合千變?nèi)f化，對于特殊片斷，經(jīng)驗公式得到的數(shù)據(jù)不一定能得出準確的結(jié)果，退火溫度細微的差異對結(jié)果都可能產(chǎn)生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。

　　梯度基因擴增儀的出現(xiàn)部分解決了一些問題，在反應過程中每個孔的溫度控制條件可以在指定范圍內(nèi)按照梯度變化，根據(jù)結(jié)果，一步就可以摸索出Z適合的反應條件。使用有梯度功能的基因擴增儀可以一次完成以往多次實驗才能完成的優(yōu)化過程，簡化了摸索PCR反應條件的繁瑣實驗，既節(jié)省實驗時間提GX率，又節(jié)省實驗成本。

基因擴增儀的選購要點

　　1、基因擴增儀的檢測通量

　　在購買定量基因擴增儀的時候，要根據(jù)實驗室的需要來選擇不同通量的儀器。基因擴增儀的檢測通量小到16個多到384個。

　　如果進行一般的基因表達研究或病原體檢測，實在不必購買昂貴的基因擴增儀，96孔的通量足夠用。

　　如果需要尋找要新藥靶點和疾病標記的實驗室可以考慮購買384孔板的基因擴增儀，假如經(jīng)費有限無法購買384孔板基因擴增儀的實驗室，可以考慮購買運行速度快(帶有FAST模塊)的96孔板基因擴增儀。

　　2、硬件設(shè)計特點

　　基因擴增儀主要有傳統(tǒng)的96孔板式、創(chuàng)新的離心式等，每種設(shè)計都有它的獨到之處但也都有無法避免的缺憾。

　　傳統(tǒng)的96孔板的PCR可以容納的樣本量大，而且無需特殊的耗材。有些傳統(tǒng)的96孔板的基因擴增儀采用鹵鎢燈激發(fā)、CCD檢測，這些光學結(jié)構(gòu)在96孔板的頂部，每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應，對結(jié)果產(chǎn)生影響。為了保證精確、準確的實驗結(jié)果，這類儀器在實驗過程中通常會使用ROX或?qū)Ｓ玫腞eferencedye作為參照校正實驗結(jié)果。

　　鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經(jīng)成為很多用戶頭痛的問題。在實驗過程中鹵鎢燈作為一種熱光源，產(chǎn)生較多熱能對實驗結(jié)果有一定的影響。CCDZda的優(yōu)點就是可以同時掃描所有樣品中的熒光信號，但是靈敏度較低，而且同時檢測樣品間的熒光信號存在干擾。

　　創(chuàng)新的離心式的基因擴增儀通常選用LED激發(fā)、PMT檢測，離心式的設(shè)計上避免了邊緣效應。LED光源是冷光源對實驗沒有影響，因此無需采用其他熒光染料校正，而且使用壽命長無需經(jīng)常更換。PMT每次只能收集單個熒光信號，但是檢測靈敏度高。這類基因擴增儀運行速度非常快，但也存在樣本量小、耗材昂貴、沒有梯度功能、存在時間積分等缺點。

　　3、溫度控制

　　對基因擴增儀來說，溫度控制主要是指溫度的準確性、均勻性、以及升降溫速度，對梯度基因擴增儀來說，除了溫度的準確性和均勻性、升降溫速度以外，還必須考慮儀器在梯度模式和標準模式下是否具有同樣的溫度特性。

　　溫度的準確性是指樣品孔溫度與設(shè)定溫度的一致性，它直接關(guān)系到實驗的成敗。由于PCR是一個幾何級數(shù)擴增的過程，擴增過程中退火溫度的細微變化會被放大而直接影響結(jié)果，不論是變性、退火還是延伸都需要準確控制溫度，對退火溫度而言溫控顯的尤為重要，有時1度甚至0.5度的差異也能決定實驗的成功與失敗，因而對基因擴增儀而言溫度控制就意味著質(zhì)量。

　　溫度的均勻性是指樣品孔間的溫度差異，它關(guān)系到在不同樣品孔進行反應結(jié)果的一致性。我們在實驗中發(fā)現(xiàn)有時用同樣的樣品，同樣的PCR反應程序，Z后的結(jié)果竟然差異非常明顯，或許就是因為不同位置的溫度不均一性所致。基因擴增儀的溫度均勻性不好，特別是Z外周的樣品孔情況更差，很有可能影響實驗結(jié)果。

　　溫度控制還有指針-升降溫的速度。更快的升降溫速度，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結(jié)合、反應的時間，能提高PCR反應特異性。因此從本質(zhì)而言溫控方式就從以前相對穩(wěn)定耐用的機械式轉(zhuǎn)向了升降溫更快速的半導體。除了基因擴增儀本身的原因，影響升降溫速度的還有制作承托樣品管的基座模塊的材料的導熱性。

　　4、運行速度

　　在基因擴增儀的眾多技術(shù)參數(shù)中，升降溫速度也是廠家喜歡大力宣傳的指標。更快的升降溫，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結(jié)合、反應的時間，提高基因擴增儀的特異性。